Les premiers épisodes de Nadia laissent penser à une série destinée aux enfants. Trois personnages qui équivalent à une sorte de team Rocket font usage de gadgets pour attraper la pierre mystérieuse de Nadia, qui se retrouve assistée par Jean, un jeune inventeur génial. Et effectivement, il y a tout au long de la série des scènes comiques, voire gaggesques, parfois drôles mais pas toujours, qui lui procurent une atmosphère légère ou enfantine. Mais, é les trois premiers épisodes, le spectateur se rendra vite compte qu’il est difficile de catégoriser Nadia comme une œuvre pour enfants. D’une part, parce qu’elle contient quand même quelques scènes de voyeurisme légèrement perverses, et quelques scènes violentes ; mais surtout, parce que les thèmes de son intrigue, et la manière dont elle les traite, sont extrêmement sérieux.
Les protagonistes sont poursuivis, ou poursuivent, un méchant totalement mégalomane que la série se donne beaucoup de mal pour rendre crédible, et qui donne toujours l’impression d’avoir un coup d’avance sur tout le monde, même lorsqu’il se fait mettre en échec par des enfants. Pour lui faire face, Nadia, Jean et leurs amis disposent également d’alliés mystérieux possédant une technologie tout aussi puissante et tout aussi étrange. Cette impression de mystère est renforcée par les références religieuses disséminées au fil des épisodes (et dont on a certes envie de dire qu’ils ne servent à rien si ce n’est à créer une certaine ambiance).
On peut considérer que l'intrigue de Nadia est, dans ses grandes lignes, bien écrite. Les personnages principaux ont des personnalités intéressantes, à plusieurs facettes, qui sont progressivement développées au fil des épisodes. Honnêtement, il ne s’y e parfois pas grand-chose, et il y a quelques ages ennuyeux, bien qu’ils fournissent au moins des occasions pour préciser les liens entre ces personnages. D’autres épisodes contiennent en revanche des scènes véritablement glaçantes (fin de l’épisode 15), une atmosphère poignante (épisode 16), ou une très haute intensité dramatique qui s’appuie efficacement sur le travail minutieux de construction des personnages réalisé auparavant (l’épisode 22 est en ce sens possiblement le plus frappant de la série).
Il est nécessaire de préciser que, la série ayant eu un certain succès lors de sa première diffusion à la télévision japonaise, il fut décidé d’y rajouter une dizaine d’épisodes pour la faire durer plus longtemps. Il s’agit des épisodes 23-34, qui ne font presque pas avancer l’intrigue, et dont la qualité de l’animation est très variable. Ces épisodes contiennent un certain nombre de scènes de gags assez embarrassantes, et surtout, Nadia s’y comporte d’une manière caricaturale ou incohérente. Il a ainsi parfois été conseillé de ne pas regarder ces épisodes, à l’exception du 30 (seule la fin est intéressante) et du 31, qui apporte des informations utiles à l’intrigue ; ces épisodes sont les seuls de cet ensemble que le réalisateur a choisi de conserver pour la production du film récapitulatif « Nautilus story ».
Il n’est toutefois pas raisonnable de sauter tous ces épisodes. Ils ne contiennent pas à proprement parler leur propre mini-intrigue, et ont un impact sur le reste de l’histoire. Certains personnages qui avaient disparu reviennent, et est introduite une certaine machine qui deviendra centrale lors du dénouement de la série. er directement de l’épisode 22 aux 30-31, puis au 35, donne d’ailleurs l’impression que l’intrigue de la série se déroule d’une manière ridiculement précipitée. Après les événements majeurs des épisodes 21 et 22, le calme qui baigne l’arc de l’île déserte (épisodes 23 à 31) a une dimension réellement apaisante, même s’il est vrai que cet arc est beaucoup trop long. Mais il n’est pas si mauvais que cela a parfois été dit : il y a certes des scènes ridicules, et Nadia décide d’y exposer ses convictions anti-sciences et pro-nature de la manière la moins subtile possible ; mais peut-on l’en blâmer vu ce qui s’est é dans les épisodes précédents ? C’est d’ailleurs tout l’intérêt de cet arc narratif que de montrer comment Jean parviendra à se rapprocher de Nadia. Le développement de leur relation, centrale dans la série, était jusqu’alors toujours entravé par la menace que représentaient les antagonistes. Dans les épisodes en question, l’amour de Jean pour Nadia devient véritablement le cœur de l’intrigue. On assiste en fin de compte, lors de cette dizaine épisodes consacrés à l'île déserte, à un certain nombre de scènes amusantes ou charmantes, notamment celles qui impliquent Marie.
En revanche, les épisodes 33 et 34 sont véritablement mauvais, quelle que soit la charité herméneutique dont on veuille faire preuve. Ils sont même détestables. Leur mini-intrigue est bouffonne et ennuyeuse, mais surtout, ils détruisent complètement l’image que le spectateur pouvait avoir de Nadia, qui tombe instantanément amoureuse d’un villageois africain, de la manière la plus ridicule possible, et d’une manière incompréhensible vu le contenu de l’épisode 31. La totalité des autres personnages sont d’ailleurs ouvertement affligés par cette situation. L’épisode 34 est enfin consacré à des chansons (avec des images recyclées des épisodes précédents), dans une tentative de Jean pour regagner le cœur de sa bien-aimée par la musique. Le personnage de Nadia (et Grandis dans une certaine mesure) devient à peu près impossible à prendre au sérieux après le visionnage de ces épisodes. Pour le coup, il peut presque sembler pertinent de recommander de ne pas les regarder pour pouvoir pleinement apprécier la fin de la série.
En effet, elle retrouve sa qualité initiale dans ses cinq derniers épisodes, même si leur rythme parait un peu trop rapide par rapport à la lenteur de ce qui les précède. Le dénouement est non seulement satisfaisant, cohérent par rapport aux divers éléments introduits dans la série, mais également frappant et véritablement émouvant.